Imatge de la plantilla que va tornar a Segona A en el curs 1995-1996.
L’arrancada dels anys noranta va ser desolador. El Llevant va tornar a la categoria de Bronze per a vegetar en les seues primeres aventures en els cursos 1991-1992 i 1992-1993. Els inquilins en la banqueta blaugrana es van succeir. Va ser un símptoma inequívoc de la inestabilitat en el pla esportiu. L’arribada de Jordi Gonzalvo en el segon tram de l’exercici 1993-1994 va produir una severa catarsi. El tècnic català va reflotar a un grup que sotsobrava en la taula. L’exquisit tram final va conduir a les hosts blaugranes a la promoció d’ascens al costat del Salamanca, Baracaldo i U.D. Las Palmas. L’ascens va marxar a la capital castellana.
Once inicial durant una trobada d’aqueixa temporada.
El Llevant va tornar a la primera línia de foc en la campanya 1994-1995. Aqueix exercici, en el seu naixement, va conquistar tretze victòries consecutives. La ratxa es va trencar en un xoc davant el Girona en l’actual Ciutat de València (2-2). L’estadi levantinista es va engalanar fins als topalls aquella jornada. La seua imatge va ser esperançadora. Amb Juande Ramos en la banqueta i amb José Luis López en la presidència, el Llevant va adquirir primacia informativa després d’anys allunyats dels focus. En aqueixa seqüència de la cronologia, el club va tancar el procés de conversió en Societat Anònima Esportiva seguint els postulats establits pels òrgans gestors del futbol nacional.
La temporada 1996-1997 en Segona va ser notable.
L’ascens es va resistir aqueix curs amb un partit dramàtic davant el Écija (2-4) en la temuda promoció. Numància i Pontevedra van completar el grup. Paco López semblava desnortar a l’equip astigitano en l’acte inicial amb dues dianes. La reacció de l’equip andalús en la represa va ser colèrica per a silenciar el Nou Estadi. En terres d’Écija l’empat va validar l’ascens de bloc local. No obstant això, tot va canviar un any més tard. Carlos Simón, amb Abel Guillem als comandaments directius del club, va capitalitzar l’ascens a Segona A després de liderar una titànica promoció davant el Còrdova, Avilés i Racing de Ferrol. Pascual i Lucas van anotar els gols granotas en l’enfrontament decisiu davant l’esquadra ferrolana. La sort virava després de cinc temporades allunyats de l’ecosistema del balompié professional.
Salillas va ser el màxim anotador en Segona A en l’exercici 1999-2000.
Mané va ser el tècnic triat en la direcció tècnica. El preparador basc va completar una temporada superba en el retorn a la categoria de Plata. No obstant això, la il·lusió i l’esperança va baratar en desesperació en l’exercici 1997-1998. Emilio Cruz, José Enrique Díaz, Roberto Álvarez, Aranguren i Balaguer van passar per la banqueta blaugrana. El Llevant va tornar a Segona B. Va ser un pas efímer amb Balaguer com a pilot de la nau granota. En la promoció, l’esquadra granota va superar al Reial Madrid B, Poli Almeria i Bermeo. Un any després, ja en Segona A, Salillas va ser investit com Pichichi de la categoria amb 20 gols.
A la fi de la dècada dels noranta el Llevant va apostar el futbol femení.
En l’estiu de 1998 el Llevant va absorbir al Sant Vicent València Club de Futbol Femení. Naixia oficialment el Llevant Unió Esportiva Femení com a secció vinculada a la institució blaugrana. L’equip liderat per Antonio Descalzo adopta els colors, així com els distintius i l’escut que caracteritza a la representació granota. El Llevant va ser un pioner en el balompié espanyol en convertir-se en un dels primers clubs a comptar amb un col·lectiu de dones. Els èxits no van tardar a situar al Llevant en l’avantguarda del futbol femení. En el curs 1999-2000 va aconseguir la Copa de la Reina després de véncer al Lagunak en la gran Final (3-0). En la temporada 2000-2001 va sotmetre als seus adversaris amb la conquesta de la Supercopa, Copa i Lliga. En la competició regular va batre tots els registres en sumar 240 gols a favor i cinc en contra.