El Llevant va tornar a Primera en Xerez al juny de 2004.
El Llevant va preparar l’assalt a la Primera Divisió amb Pedro Villarroel, principal accionista del club, en la presidència i amb Mijatovic i Amato com a estendards de l’exercici 2002-2003. No obstant això, l’ascens, que trencava amb més de quaranta anys de carestia, va situar en el més alt de la representació institucional a Antonio Blasco mentre que en el camp va quedar personificat en la figura enorme d’Alberto Rivera amb un penal materialitzat en Xerez que va dimensionar a l’esquadra granota. Va ser al juny de 2004. Manolo Preciado va ser el conductor d’un grup que perdura en la memòria del levantinismo. Va ser una etapa de clars i núvols amb l’equip de tornada a Segona en el curs 2004-2005.
El Llevant Femení va assaltar els murs de la Vella Europa.
En la claredat del tercer mil·lenni el Llevant Femení va mantindre la seua hegemonia en el panorama nacional. Els títols van engrandir el seu currículum. En l’exercici 2001-2002 va obtindre la Copa i la Lliga. El Llevant va entrar en la història en adquirir en propietat la Copa de la Reina després de véncer de manera consecutiva en tres ocasions. Així mateix, va assaltar els murs del Vell Continent, si bé no va aconseguir traspassar la frontera de la primera fase de la Copa d’Europa. La marxa d’Antonio Descalzo va suposar el desembarcament de Josep Alcàsser. Amb el tècnic valencià, el Llevant va mantindre la seua jerarquia amb la conquesta de la Copa de la Reina de les edicions de 2003-2004 i 2004-2005. Els darrers entorxats van arribar amb Félix Carvallo en la banqueta. El central va canviar les botes per la toga d’entrenador. Va sumar la Copa de la Reina de la campanya 2006-2007 i la Superliga del curs 2007-2008.
El Llevant va festejar el seu centenari amb el quart ascens a Primera.
El Llevant va trepitjar amb relativa normalitat el llindar inaccessible de la Primera Divisió. En la temporada 2005-2006 va tornar a l’elit i es va mantindre dues campanyes entre els grans de la competició. No obstant això, els problemes econòmics van eclipsar els desafiaments reeixits sobre la pastura. La crisi econòmica va provocar la marxa de Pedro Villarroel i una recessió des d’un prisma institucional amb diversos intents de compra del club fallits. Des d’un prisma administratiu, el club es va submergir en un procés concursal que va suposar l’entrada de Francisco Catalán com a director general com a pas anterior al seu desembarcament en la presidència. La Fundació Cent Anys es va convertir en la garant de la supervivència del club. Aquesta conjuntura va coincidir amb el centenari de la institució gestada per José Ballester. El colofó als fastos pels cent anys d’existència va concloure amb el retorn a Primera Divisió després d’una inoblidable victòria davant el Castelló (3-1 en Orriols) en una vesprada inesborrable.
Luis García va estar tres temporades al capdavant del Llevant.
Luis García va ser el tècnic que va retornar al club a la riba de la Primera Divisió. L’eixida del procés concursal durant l’exercici 2010-2011 va ser d’acord amb la consecució de la permanència en la principal divisió, una heroïcitat per al pressupost més minso dels vint equips que componien la nòmina de la competició de lliga. Aqueix curs va marcar el comiat de Luis García després de tres temporades caracteritzades per l’èxit.