Imagen de la plantilla que volvió a Segunda A en el curso 1995-1996.
El arranque de los años noventa fue desolador. El Levante regresó a la categoría de Bronce para vegetar en sus primeras aventuras en los cursos 1991-1992 y 1992-1993. Los inquilinos en el banquillo azulgrana se sucedieron. Fue un síntoma inequívoco de la inestabilidad en el plano deportivo. La llegada de Jordi Gonzalvo en el segundo tramo del ejercicio 1993-1994 produjo una severa catarsis. El técnico catalán reflotó a un grupo que zozobraba en la tabla. El exquisito tramo final condujo a las huestes azulgrana a la promoción de ascenso junto al Salamanca, Baracaldo y U.D. Las Palmas. El ascenso marchó a la capital castellana.
Once inicial durante un encuentro de esa temporada.
El Levante regresó a la primera línea de fuego en la campaña 1994-1995. Ese ejercicio, en su nacimiento, conquistó trece victorias consecutivas. La racha se quebró en un choque ante el Girona en el actual Ciutat de València (2-2). El estadio levantinista se engalanó hasta los topes aquella jornada. Su imagen fue esperanzadora. Con Juande Ramos en el banquillo y con José Luis López en la presidencia, el Levante adquirió primacía informativa después de años alejados de los focos. En esa secuencia de la cronología, el club cerró el proceso de conversión en Sociedad Anónima Deportiva siguiendo los postulados establecidos por los órganos gestores del fútbol nacional.
La temporada 1996-1997 en Segunda fue notable.
El ascenso se resistió ese curso con un partido dramático ante el Écija (2-4) en la temida promoción. Numancia y Pontevedra completaron el grupo. Paco López parecía desnortar al equipo astigitano en el acto inicial con dos dianas. La reacción del equipo andaluz en la reanudación fue colérica para silenciar el Nou Estadi. En tierras ecijanas el empate validó el ascenso de bloque local. No obstante, todo cambió un año más tarde. Carlos Simón, con Abel Guillem a los mandos directivos del club, capitalizó el ascenso a Segunda A tras liderar una titánica promoción ante el Córdoba, Avilés y Racing de Ferrol. Pascual y Lucas anotaron los goles granotas en el enfrentamiento decisivo ante la escuadra ferrolana. La suerte viraba tras cinco temporadas alejados del ecosistema del balompié profesional.
Salillas fue el máximo anotador en Segunda A en el ejercicio 1999-2000.
Mané fue el técnico escogido en la dirección técnica. El preparador vasco completó una temporada soberbia en el retorno a la categoría de Plata. No obstante, la ilusión y la esperanza trocó en desesperación en el ejercicio 1997-1998. Emilio Cruz, José Enrique Díaz, Roberto Álvarez, Aranguren y Balaguer pasaron por el banquillo azulgrana. El Levante regresó a Segunda B. Fue un paso efímero con Balaguer como piloto de la nave granota. En la promoción, la escuadra granota superó al Real Madrid B, Poli Almería y Bermeo. Un año después, ya en Segunda A, Salillas fue investido como Pichichi de la categoría con 20 goles.
A finales de la década de los noventa el Levante apostó el fútbol femenino.
En el verano de 1998 el Levante absorbió al San Vicente Valencia Club de Fútbol Femenino. Nacía oficialmente el Levante Unión Deportiva Femenino como sección vinculada a la institución azulgrana. El equipo liderado por Antonio Descalzo adopta los colores, así como los distintivos y el escudo que caracteriza a la representación granota. El Levante fue un pionero en el balompié español al convertirse en uno de los primeros clubes en contar con un colectivo de féminas. Los éxitos no tardaron en situar al Levante en la vanguardia del fútbol femenino. En el curso 1999-2000 alcanzó la Copa de La Reina tras vencer al Lagunak en la gran Final (3-0). En la temporada 2000-2001 sometió a sus adversarios con la conquista de la Supercopa, Copa y Liga. En la competición regular batió todos los registros al sumar 240 goles a favor y cinco en contra.